Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу:
Налог, взимаемый в связи с применением УСН, включая минимальный налог, полностью зачисляется в бюджет субъекта РФ.
Доходы от ЕНВД полностью зачисляются в доходы местных бюджетов (бюджеты муниципальных районов либо городских округов).

Обоснование вывода:
Пунктом 1 ст. 12 НК РФ в РФ установлены следующие виды налогов и сборов: федеральные (ст. 13 НК РФ), региональные (ст. 14 НК РФ) и местные (ст. 15 НК РФ). При этом нормы НК РФ не связывают вид налога с видом бюджета, в который он подлежит зачислению.

Кроме того, ст. 18 НК РФ предусмотрены специальные налоговые режимы, к которым относятся в том числе УСН и ЕНВД.

В силу п. 7 ст. 12 НК РФ установленные НК РФ специальные налоговые режимы могут предусматривать федеральные налоги, не указанные в ст. 13 НК РФ. То есть из норм п. 7 ст. 12 НК РФ следует, что налоги, исчисляемые в рамках специальных налоговых режимы, являются разновидностью федеральных налогов.

Представители Минфина России со ссылкой на п. 7 ст. 12 НК РФ также относят налоги, предусмотренные специальными налоговыми режимами, к федеральным, не указанным в ст. 13 НК РФ (письмо Минфина России от 20.04.2006 N 03-02-07/2-30 (направлено территориальным налоговым органам для руководства и использования в работе письмом ФНС России от 10.05.2006 N ММ-6-19/481@)).

А в письме от 11.01.2009 N 03-02-07/1-3 представители Минфина России при рассмотрении вопроса о зачете (возврате) сумм излишне уплаченного НДФЛ в счет уплаты налога, взимаемого в связи с применением УСН, сообщили, что сумма излишне уплаченного одного федерального налога может быть зачтена в счет недоимки по другому федеральному налогу, тем самым подтвердив отнесение единого налога, уплачиваемого в связи с применением УСН, именно к федеральным налогам.

Согласно ст. 6 БК РФ под бюджетной системой РФ понимается основанная на экономических отношениях и государственном устройстве РФ, регулируемая законодательством РФ совокупность федерального бюджета, бюджетов субъектов РФ, местных бюджетов и бюджетов государственных внебюджетных фондов.

В соответствии со ст. 40 БК РФ платежи, являющиеся источниками формирования доходов бюджетов бюджетной системы РФ, в частности доходы от федеральных налогов, должны зачисляться на счета органов Федерального казначейства для их распределения этими органами в соответствии с установленными нормативами между бюджетами бюджетной системы РФ.

Так на основании п. 2 ст. 56 БК РФ налог, взимаемый в связи с применением УСН, включая минимальный налог, подлежит зачислению в бюджеты субъектов РФ по нормативу 100%.

При этом доходы от ЕНВД, также по нормативу 100%, подлежат зачислению в доходы местных бюджетов — бюджеты муниципальных районов (городских округов) (п. 2 ст. 61.1 БК РФ, п. 2 ст. 61.2 БК РФ).

Ответ подготовил:
Эксперт службы Правового консалтинга ГАРАНТ
Гусихин Дмитрий

Контроль качества ответа:
Рецензент службы Правового консалтинга ГАРАНТ
аудитор, член МоАП Мельникова Елена