Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу:
В приведенной ситуации в трехдневный срок с момента принятия решения о ликвидации филиала необходимо направить в налоговый орган по месту нахождения учреждения уведомление по форме С-09-3-2.

В целях государственной регистрации соответствующих изменений в уставе учреждения и едином государственном реестре юридических лиц в регистрирующий орган необходимо представить заявление по форме N Р13001.

Обоснование вывода:
В соответствии с пп. 3.1 п. 2 ст. 23 НК РФ налогоплательщики-организации обязаны в течение трех дней со дня принятия соответствующего решения сообщать в налоговый орган по месту своего нахождения обо всех обособленных подразделениях российской организации (включая филиалы) на территории РФ, через которые прекращается деятельность этой организации (которые закрываются этой организацией). Такое сообщение представляется по форме N С-09-3-2 (приложение N 4 к приказу ФНС России от 09.06.2011 N ММВ-7-6/362@).

Кроме того, поскольку сведения о филиалах содержатся, во-первых, в едином государственном реестре юридических лиц (далее — ЕГРЮЛ, пп. «н» п. 1 ст. 5 Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей», далее — Закон N 129-ФЗ), а во-вторых, в учредительных документах бюджетного учреждения (п. 3 ст. 14 Федерального закона от 12.01.1996 N 7-ФЗ «О некоммерческих организациях», пп. «д» п. 33 Порядка, утвержденного постановлением Правительства РФ от 26.07.2010 N 539),*(1) для государственной регистрации соответствующих изменений необходимо представить в регистрирующий орган предусмотренный Законом N 129-ФЗ перечень документов, а именно: подписанное заявителем заявление по форме N Р13001, решение о внесении изменений в устав учреждения, изменения, вносимые в устав учреждения, и документ об уплате государственной пошлины (п. 1 ст. 17 Закона N 129-ФЗ).

На основании этих документов производится государственная регистрация соответствующих изменений в уставе учреждения и ЕГРЮЛ, по результатам которой налоговый орган осуществит снятие учреждения с учета по месту нахождения его филиала (абзац второй п. 5 ст. 84 НК РФ).

Что касается уведомления по форме N Р13002, то оно представляется в регистрирующий орган в тех случаях, когда вносимые в учредительные документы юридического лица изменения в силу закона приобретают силу для третьих лиц не с момента государственной регистрации, а с момента уведомления регистрирующего органа (п. 6 ст. 52 ГК РФ, п. 3 ст. 19 Закона N 129-ФЗ). Такие случаи предусмотрены, например, п. 5 ст. 5 Федерального закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью», п. 6 ст. 5 Федерального закона от 26.12.1995 N 208-ФЗ «Об акционерных обществах».

Однако законодательство не устанавливает положений, в соответствии с которыми какие-либо изменения в уставе бюджетного учреждения могут приобретать силу для третьих лиц в подобном порядке (то есть при условии уведомления регистрирующего органа). Следовательно, любые такие изменения приобретают силу с момента государственной регистрации, что требует представления в регистрирующий орган заявления по форме N Р13001.

Ответ подготовил:
Эксперт службы Правового консалтинга ГАРАНТ
Ткач Ольга

Контроль качества ответа:
Рецензент службы Правового консалтинга ГАРАНТ
Александров Алексей